Πρέπει κατ΄αρχήν να πούμε ότι η κατάχρηση αντιβιοτικών στην εκκολπωματίτιδα μπορεί να κάνει περισσότερο κακό παρά καλό. Υπάρχουν μάλιστα και κάποιες μελέτες που υποστηρίζουν ότι είναι τελείως περιττά σε πολλές περιπτώσεις. Οταν υπάρχει διάγνωση οξείας εκκολπωματίτιδας η επικρατούσα σχολή είναι να χορηγούνται αντιβιοτικά αλλά ποια είναι τα ενδεδειγμένα? Η εκκολπωματίτιδα προκαλείται από δύο ειδών μικρόβια κυρίως: Gram αρνητικά και αναερόβια. Για να καλυφθούν αυτά συνιστώνται: Είτε: Αμοξυκιλλίνη/ κλαβουλανικό ( Augmentin) είτε συνδυασμός από μία Κεφαλοσπορίνη και Μετρονιδαζόλη. Πολλοί ασθενείς παίρνουν Κινολόνες ( Ciproxin, Aveolx, Ufexil). Αυτά συνιστώνται μόνο επί αλλεργίας στα προηγούμενα ή επί ανθεκτικότητας μικροβίων σε επανειλημμένα επεισόδια. Οι κινολόνες χορηγούνται μόνο με αιτιολογημένη συνταγή για λόγους ασφαλείας. Παρ΄όλο που οι κινολόνες είναι χρήσιμα φάρμακα έχουν αναφερθεί πολλές περιπτώσεις βλαβών μυών και τενόντων (τενοντίτιδες) καθώς και ρήξεις τενόντων. Δεν υπάρχει λόγος έκθεσης σε παρενέργειες εάν υπάρχει εναλλακτικό αντιβιοτικό.
